Program Doktor (S3) merupakan salah satu program pascasarjana yang ditawarkan Departemen Teknik Sipil untuk memperoleh gelar doktor dengan lulusan yang berdaya saing internasional. Program ini berfokus untuk mendorong mahasiswa untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam menciptakan sesuatu yang baru dan inovatif guna menyelesaikan berbagai permasalahan baik di Indonesia maupun global. Hal ini ditujukan untuk menciptakan sumber daya material baru yang berkelanjutan dalam pemanfaatannya di bidang Teknik Sipil.